Αρμόδια όργανα για την οργάνωση και τη λειτουργία του Δ.Π.Μ.Σ. είναι: α) Η Σύγκλητος Ειδικής Σύνθεσης (Σ.Ε.Σ.), β) η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (Ε.Δ.Ε.) και γ) ο/η Διευθυντής/-ντρια Σπουδών του Δ.Π.Μ.Σ. Τα εν λόγω όργανα έχουν τη σύνθεση και τις αρμοδιότητες που προβλέπονται στα σχετικά άρθρα του Ν. 3685/2008 όπως έχει τροποποιηθεί και ισχύει. Επιπλέον, την εποπτεία και το γενικότερο συντονισμό των μεταπτυχιακών σπουδών σε επίπεδο Α.Π.Θ. έχει ο/η Αντιπρύτανης Ακαδημαϊκών Υποθέσεων. Κάθε επιμέρους γνωστική κατεύθυνση του Προγράμματος εποπτεύεται από έναν, ή δύο υπευθύνους καθηγητές που έχουν την ευθύνη της εύρυθμης λειτουργίας της.
Ο/H Διευθυντής/-ντρια του Δ.Π.Μ.Σ. ορίζεται με απόφαση της Ειδικής Διατμηματικής Επιτροπής (Ε.Δ.Ε.) με διετή θητεία με δυνατότητα ανανέωσης, μπορεί να ασκεί τα καθήκοντά του με μερική απαλλαγή από τις διδακτικές του υποχρεώσεις και προεδρεύει της Ε.Δ.Ε. Η Ε.Δ.Ε. συγκροτείται κατά προτεραιότητα από Καθηγητές, συμπληρούμενη κατά περίπτωση από Αναπληρωτές Καθηγητές μέλη των αντίστοιχων Γ.Σ.Ε.Σ. των οικείων Τμημάτων.